Eric Clapton urodził się w Ripley, w hrabstwie Surrey, w Anglii, jako nieślubne dziecko 16-letniej Patricii Molly Clapton i Edwarda Waltera Fryera, 24-letniego kanadyjskiego żołnierza. Fryer jeszcze przed narodzinami Claptona wyruszył na wojnę, a później wrócił do Kanady.
Claptona wychowywała babka ze swoim drugim mężem. Chłopiec wierzył, że są oni jego rodzicami, a jego matka - starszą siostrą. Dziadkowie nosili nazwisko Clapp, co było przyczyną pojawiających się sugestii, jakoby to było prawdziwe nazwisko Erica. Później jego matka poślubiła innego kanadyjskiego żołnierza, przeniosła się do Kanady i zostawiła syna do wychowania dziadkom. Clapton odkrył rodzinny sekret w wieku 9 lat i był to w jego życiu moment przełomowy.
Clapton wyrastał jako zdeklarowany ?urwis?. Uczęszczał do szkoły średniej Hollyfield w Surbiton. Jego pierwszym zawodem był listonosz. Od najwcześniejszych lat miał kontakt z bluesem i w wieku lat 13 dostał na urodziny gitarę z metalowymi strunami. Nauka gry była jednak dla niego tak trudna, że mało brakowało, a dałby za wygraną. Po ukończeniu szkoły Clapton ukończył jednoroczny kurs w roku 1962 w Kingston College of Art. Mniej więcej w tamtym okresie zaczął grywać na ulicy w okolicach Kingston upon Thames, Richmond upon Thames oraz londyńskiego West Endu.
Clapton wstąpił do swojego pierwszego zespołu kiedy miał 17 lat, a był to zespół grający muzykę R&B - The Roosters ? Clapton grał w nim od stycznia do sierpnia roku 1963. We wrześniu tego roku wziął udział w siedmiu występach grupy Casey Jones and the Engineers.